La basilica inferiore della Cattedrale di Santa Maria Assunta, meglio conosciuta come cripta, fu eretta tra il 1109 e il 1157, anno della consacrazione da parte del vescovo Dodone. Si tratta di un ambulacro culminante in una piccola abside al quale si accede da una scala situata sulla navata sinistra della basilica superiore. Sedici colonne con capitelli medievali e disposte su due file sorreggono volte a crociera affrescate; tra queste si trovano anche colonne romane di riuso, come una colonna miliare della Salaria risalente al IV sec.. Anche nell’abside è visibile qualche traccia di affresco così come nelle mura antistanti. Quest’ultimi, dipinti nel ‘600, furono staccati nel ‘900 per il restauro purista voluto da Palmegiani. A terra è visibile la tomba cinquecentesca di Pietro Capelletti, canonico della chiesa.